2015年10月23日 星期五

諾貝爾獎特寫:知錯能改的DNA

今年諾貝爾化學獎頒發了給3位研究DNA修復機制的科學家,這是生物化學中一個非常重要的發現。

生物化學,一直是令醫科生又愛又恨的東西(雖然大部分人都是恨遠遠多於愛)。理性上,我們都知道生物化學,特別是遺傳學,是醫學的未來。掌握遺傳學,可以說是差不多等如掌握了人類的生與死。但感情上,生物化學本身已經複雜(主要是因為科學家很喜歡為每種酵素蛋白都起個名字,單是記名字已記死人了),發展得又快,無時無刻都有新發展新研究要學習,但我們醫學院偏偏教得雜亂無章,「東一忽,西一忽」,與某些醫學課題相關的生物化學知識就約略教一下,但又從沒有讓醫學生學好基礎的知識,變成「未學行,先學走」,根本不可能做到融會貫通,難免令人敬而遠之。

 其實,生物化學可以是很熱血的。不久前,史丹福看了著名科學家,諾貝爾醫學獎得獎者,DNA結構的發現人James Watson的著作《DNA:生命的秘密》。那是一本DNA科學發展的簡史,看到上世紀50年代開始一班生物化學專家如何死心不息地鑽研生命的秘密,令分子生物學以科學史上最高速地發展起來,根本就是一件非常熱血沸騰的事。小弟覺得唯一一個可以與它相提並論的時代就是2030年代量子力學的發展,那又是另一個充滿天才的年代,在科學界來說,那時代的科學家(SchrodingerHisenbergDirac…)都是巨星級的。小弟有空真要介紹一下那兩個振奮人心的年代。

不過在小弟未介紹那個年代的巨星科學家之前,還是先容小弟以在醫學院學的非常僅有的生物化學知識,介紹一下今屆諾貝爾化學獎的研究。

好,先來重溫一些高中學過的入門級知識。DNA由基本單位nucleotides組成,nucleotides分成3部分,分別是nitrogenous basedeoxyribose (一種糖)phosphate。大家都一定見過DNA那舉世知名,深入民心的雙螺旋結構吧? 就像一條扭曲了的拉鏈。拉鏈有兩條平行的窄布料,中間有凸凹的齒把它們扣著,而deoxyribosephosphate就是那兩條平行的布料,nitrogenous base就是那些凸凹的齒。

Nitrogenous base是隱藏了生命密碼的地方,我們電腦用的密碼很複雜,可以用A-Z0-9、大細階,符號,有時候改密碼甚至規定你一定要有數字字母大細階,麻煩到極,但生命的密碼反倒很簡單,只由4個成分的組合所組成,就是adenine (A)thymine (T)guanine (G)cytosine (C),簡單得科學家有很長的時間都不願相信生命的密碼就放在DNA中。他們覺得蛋白質由20種胺基酸組成,用它當遺傳密碼合理得多啊。當然,最後證實他們錯了,有位科學家Frederick Griffith在研究肺炎鏈球菌的品種變換時證明了DNA才是隱藏生命密碼的地方。

拉鏈由凸凹齒互相扣著連起來,而DNA則又nitrogenous base的氫鏈互相連著,A連著TG連著C

DNA一個厲害的地方,就時它可以複製自己。我們身體成千上萬的細胞,上至腦細胞,下至腳指公的細胞,都有著同一套的DNA,因為它們都是複製自同一套DNA,也就是受精卵的DNA

DNA的複製過程是怎樣的呢? 真實世界當然是非常非常複雜,但盡可能簡化來說就是:
一,把拉鏈拉開,一對拉開成兩條
二,為兩條拉鏈找出對應的新拉鏈,重新拉上

於是就有了兩對拉鏈,各由一條舊的和一條新的拉鏈組成。

再用回生物化學的語言:
一,把拉鏈拉開及拉直(別忘了DNA不單是拉鏈,更是扭曲了的拉鏈)的兩種酵素叫helicaseDNA topoisomerase,而另一種蛋白質single-strand binding proteins就負責維持拉鏈拉開,防止它們私自重新結合。
二,之後新的nucleotides連上剛拆開的DNA,一種叫DNA polymerase的酵素重新把拉鏈拉上。



這看似很簡單很美,但問題是,拉鏈是會壞是會扣錯的。拉鏈扣錯最多關不到背包,但DNA扣錯就會干擾了生命的密碼,可以發生很可怕的事,例如是癌症。但據科學家觀察,DNA似乎很可靠,很少扣錯,少得不太合理。他們再進一步研究,發現原來DNA不是不會壞不會扣錯,紫外光、吸煙等,通通都很易令這條拉鏈拉錯,只不過它們「知錯能改」,扣錯就再扣過,「唔啱扣到啱」。而今年諾貝爾化學獎得獎的科學家就是研究DNA如何「知錯能改」,如何「唔啱扣到啱」。

大家都知道曬太陽容易引致皮膚癌,但為甚麼呢? 因為陽光中的紫外光可以破壞DNA,其中一個常見的破壞就是令兩個相鄰的thymine以碳碳雙鏈 (C=C)連起,就像拉鏈的凸凹齒不再跟對面的凸凹齒連起,而是跟在同一條布料上的相鄰凸凹齒相連,如下圖般。這條壞了的DNA,當然不能正常複製。這個相連方法形成的thymine-thymine dimer,就是形成皮膚黑色素瘤,最凶狠的一種皮膚癌的原兇。



但我們每天都會被太陽照到,為何這麼少人有皮膚癌? 當然就是因為DNA「知錯能改」。這裡介紹的第一個機制叫nucleotide excision repair (NER)。當拉鏈的凸凹齒亂連上,拉鏈的形狀也當然有了改變。當修復系統的酵素偵測到這結構上的改變,就會把出錯處理同附近的一小段DNA剪出,然後靠著對面的那條DNA重新複製出被剪了的那一段。



醫學上,如果有病人的這個機制出了問題,就大件事了。他們就會得到一種可怕的怪病──xeroderma pigmentosum (中文名字叫著色性乾皮症),全身不停生出黑色素瘤,體無完膚。



相較起xeroderma pigmentosum,另一個醫學上更重要的遺傳性致癌疾病叫HNPCC (hereditary nonpolyposis colorectal cancer) (中文名字很繞口,叫遺傳性非瘜肉結直腸癌綜合症,相信沒有人記得到這又長又煩又累贅的名字,所以還是叫它HNPCC),重要在每年有三千多宗新結腸癌新個案,當中有4%,即大約120人與這疾病相關。得到HNPCC的人,高達80%的會在70歲前患上結直腸癌,而且患上其他一大推癌症(子宮、卵巢、胃部、膽管、小腸、尿道、腦、皮膚…)的機會,也比一般人高。

HNPCC的患者當然也是因為DNA修復機制的錯誤,不過這次不是因為nucleotide excision repair出錯,而是另一機制出錯,那機制叫DNA mismatch repair

剛才說過,DNA在複製時,A總連著TG總連著C,但有時候不知怎的,複製時侯會連上一個錯的nucleotide,或是連多了或少了。這時DNA mismatch repair機制就會把出錯處理同附近的一小段DNA剪出,然後靠著對面的那條DNA重新複製出被剪了的那一段。




我們DNA的序列有時會連續重覆數十次,例如CACACACACACACACACACACA,我們稱這連續重覆的序列為DNA microsatellite。你可以想像,如果我要你抄一推亂碼,如ATTGCCTTGTCGA,你應該不易抄錯,因為你可以隨時對一下前後的序列而確保自己抄得正確。但如果要你抄寫CACACACACACACACACACACA…,抄錯機會應該很高吧,因為它們太相似,很快你就不知道自己抄到第幾個CA,很容易抄多抄少。所以我們就特別需要DNA mismatch repair機制為我們改正DNA microsatellite的出錯。



DNA mismatch repair機制主要靠MLH-1MSH-2MSH-6等蛋白質,所以如果它們有缺憾,DNA複製microsatellite時就很易出錯,複製多了或少了,這情況叫microsatellite instability。生命的密碼一出錯,又會有癌症了。NHPCC就是這樣得來的。

HNPCC是香港大學病理部門的重點研究,有位教授更是當中的高手,所以出身香港大學的醫科同學都對它或多或少有點認識。而且香港大學病理部門也提供了很詳盡的服務為病人檢測HNPCC

HNPCC是如何檢測的呢? 首先我們會把手術切割出來的癌組織拿去做分子檢查,看看它的microsatellite序列有沒有多了或是少了。舉個例子,正常應該是CACACACACACACACA,共8次重覆,而癌組織中卻出現CACACACACACACA,共7次,這樣癌組織出現了microsatellite instability的情況,所以很大機會病人是得了HNPCC。之後我們拿病人一點血,真接測試MLH-1MSH-2MSH-6等基因有沒有出錯就可以確診了。因為HNPCC是遺傳病,所以我們一般都會為家屬都進行檢查,如果他們有MLH-1MSH-2MSH-6等基因出錯卻還未有癌症,我們就可以為他們進行更頻密的結腸鏡或婦科檢查,即使他們得了癌症,都可以及早發現,在早期時治療。

最後一種要介紹的修復機制叫base excision repair。還記得在DNA中,A永遠連著TG永遠連著C? 但有一些化學致癌物,可以把C化學改變成U,這可不妙了,DNA中原本就不可能有U!這又是修復機制出場的時候了,nucleotides分成3部分,分別是nitrogenous basedeoxyribose phosphateC變成了U,其實只是base出錯,所以其實可以不理其他部分啊,只要切走那個base就可以了。修復過程大致如下,一種叫DNA glycosylase的酵素先切走那個錯的base,現在拉鏈的凸凹齒移走了。布料有個地方有個地方多了個空位,另一種叫AP endonuclease的酵素把那段布料都切走,然後又靠著對面的那條DNA,用DNA polymerase重新複製出被剪了的那一段。




最後,用一幅出自Marks,著名的醫科生物化學教科書的圖片總結一下。


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