2016年3月5日 星期六

那個令人心動的時代 --分子生物學 2

上回說到,華生及克拉克終於發現了DNA的結構。這發現在生物學的意義,簡直就如牛頓發現萬有引力一樣偉大。牛頓發現的萬有引力,統一了天與地。他令我們知道,天體的運行並非人類遙不可及的,它們其實與地上的物件,以一套規則運作。同樣的,華生及克拉克發現的DNA結構,統一了生與死。他令我們知道,生命也並非遙不可及,它與其他所有物件一樣,以同一套物理化學規則運作。原來生命的秘密,是建基於我們都認識的化學及物理。

發現DNA結構是分子生物學的一大高峰,但原來高峰過後是更多的高峰。

分子生物學史上最美麗的實驗

DNA的雙螺旋結構給了科學家無窮的想像空間,特別在DNA的複製方式上。華生及克拉克覺得,DNA由兩條互相對應的螺旋組成,它們彼此是彼此的倒模,這個結構一定有其含意。它們就像鎖與匙,只要你有鎖,就可以配出相對應的匙;只要你有匙,就可配出相對應的鎖。只要把DNA雙螺旋拆開,每條螺旋就可以複製出新的螺旋,所以新複製的DNA,有一半是原有的樣版,另一半是新複製出來的。這個模式,被稱為「半保留式」(semi-conservative)

當時科學界尚有另外兩個DNA複製方式的猜想。一為「保留式」,即一對DNA完全地複製出另一對DNA。新複製出來的DNA,是全新的,完全沒有舊有成分。另一種為「分散式」,也就是每一對DNA先為成分成一節節(仍是雙螺旋的),每一節都個別進行複製,新複製出來的DNA就會由一節節新的及舊的DNA,梅花間竹地組成,就如串燒一樣。這個概念比較複雜,有點難解釋,還是參考一下下圖比較好。


這三種猜想中,當然以華生及克拉克的「半保留式」最為美麗,它是從DNA結構中最直觀地得出的猜想。而這個美麗的理論,自然需要一個更美麗的實驗去驗證。

這個實驗由「噬菌體集團」的梅瑟生(Matthew Meselson)及史達(Franklin Stahl)所設計。「噬菌體集團」人才輩出,上一回我們已經去到他們集團做的很多重要發現,今回他們又更上一層樓。

大家都知道人在死海中特別容易浮起,那是因為死海的鹽份非常高,所以海水的密度也很高。人的密度比海水的密度低,所以可以浮起。梅瑟生和史達做的實驗就是運用了這原理,他們用了一種很重的鹽,叫氯化銫(caesium chloride)(熟悉化學的朋友可能知道銫caesium是自然存在的group I metal中最重的)。由於氯化銫很重,他們的溶液密度也很高。他們再把溶液放進離心機中旋轉,密度最高的溶液會沉在底,密度最低的溶液會浮在面。這時候,我們只要把物質放進經離心的氯化銫溶液中,看看它們浮在甚麼地方,就可以知道物質的密度。

我們知道氮有兩種同位素,N-14N-15N-14的密度比N-15低,所以以N-14組成的DNA會在溶液中的較高的地方,以N-15組成的DNA會沉在較低的地方。為了方便解釋,我們假設N-14 DNA位處的地方是0N-15 DNA位處的地方是1

精彩的環節開始了。梅瑟生及史達把大腸桿菌放在含有N-15的培養液中,所得的大腸桿菌DNA都由N-15組成,應該會在1的位置。然後他們把這些已有N-15 DNA的大腸桿菌再放在含有N-14的培養液中,讓大腸桿菌複製DNA。如果DNA以「半保留式」複製,新複製的DNA會有一條螺旋由N-14組成,另一條由N-15組成,所以DNA的密度界乎兩者之間,在氯化銫溶液中會停在0.5的位置。如果DNA以「保留式」複製,那樣新複製的DNA會全部又N-14組成,新DNA會停在溶液中0的位置。如果DNA以「分散式」複製,那樣新複製的DNA會由梅花間竹的N-14雙螺旋及N-15雙螺旋組成,像串燒一樣,N-14N-15各一半,所以新DNA會停在溶液中0.5的位置。梅瑟生及史達發現,大腸桿菌新複製的DNA是在0.5的位置,所以我們已經可以排除「保留式」。

接著他們把實驗繼續,讓大腸桿菌繼續在N-14培養液中複製。如果DNA以「半保留式」複製,新複製出的DNA有兩種可能性;一是以N-14螺旋做樣板,複製出另一條N-14螺旋,新複製出的DNA會完全由N-14組成,會停在氯化銫溶液中0的位置;另一可能性是以N-15螺旋做樣板,複製出一條新N-14螺旋,新複製出的DNA會由一條N-14螺旋及一條N-15螺旋組成,N-14N-15各一半,會停在氯化銫溶液中0.5的位置。如果DNA以「分散式」複製,新複製出的DNA仍是如串燒般,但這條串燒中N-14佔四分之三,N-15只佔四分之一,所以會停在溶液中0.25的位置。那情形就好像你有一條雞肉串燒,你吃了一半,但之後增添豬肉,那麼新的串燒會有一半雞肉一半豬肉。然後你再吃一半(其中一半是雞肉,一半是豬肉),卻繼續只增添豬肉,新的串燒會有四分之三是豬肉,四分之一是雞肉。




當然,實驗的結果是新複製出的DNA有一半在0的位置,有一半在0.5的位置,並沒有DNA0.25的位置。這就證實了華生及克拉克的「半保留式」猜想。實驗的結果如下




這個實驗是多麼的精彩,多麼的美麗。以一個如此美麗的實驗去證明一個如此美麗的理論,實在是令人賞心悅目。這個梅瑟生-史達實驗,也被後世稱為「分子生物學史上最美麗的實驗」。這可不是史丹福誇張的入修辭手法,而是科學界公認的。

信息的使者

DNA的運作模式慢慢被分子生物學家逐一擊破。當知道了它的複製模式後,下一個目標當然是它如何製造蛋白質。

傳統智慧認為蛋白質是直接從染色體中的DNA上合成的。可惜傳統智慧大多是錯的。把這傳統理論打破的科學家名叫詹美尼克(Paul Zamecnik),他把老鼠肝細胞打碎並進行離心,把細胞中的不同成分分開,製造了所謂的「無細胞(cell-free)系統」。「無細胞系統」把複雜的細胞內部簡化了,因為它移除了細胞中的薄模,把細胞中的成分都分門別類地整理得井井有條。詹美尼克之後把「無細胞系統」放在含放射性元素的氨基酸中培養,他發現放射性先出現在核糖體(ribosome)上,之後分離並進入細胞質(cytoplasm)中,也就是說蛋白質是在核糖體中合成的,然後在完成後就會被釋放到細胞質中。而DNA是位於細胞核(nucleus)中,所以蛋白質並不是直接從DNA上合成的,而是有一種中介物質,把DNA上的遺傳信息從細胞核帶到核糖體中。這種物質就是DNA合成蛋白質理論中缺失的一角,是DNA至蛋白質之暗的missing link

核糖體的主要成分是rRNA (ribosomal RNA),有科學家於是提出,也許是rRNA把遺傳信息從細肥核中DNA帶到核糖體中。但這理論有一缺憾,假如遺傳信息是由rRNA㩦帶的,那麼不同的蛋白質便需要不同的核糖體,不同的rRNA來合成,而事實是核糖體只有一種,它所含有的rRNA成分都完全相同,所以遺傳信息不可能是透過rRNA㩦帶的。

我們先把時間推回1953年,大家還記得上回提及的Hershey? 不是指Hershey朱古力,而是用放射性的磷及硫研究噬菌體,證實DNA是遺傳物質,來自「噬菌體集團」中的賀西(Alfred Day Hershey)。他那個實驗其實還有另一個較不為人知的發現,他發現細菌被噬菌體感染後,會製造出一條很小的RNA片段,在細菌一被感染之後立即開始合成,而且合成速度很快。

之後另一個值得一提的重要實驗是「睡衣實驗」。世界上有很有愛的密友拍檔組合,政壇上有周永康、岑敖暉;超級英雄界有Captain AmericaWinter Soldier;偵探界有福爾摩斯與華生。分子生物學界除了有上回提及的華生與克拉克外,另一對羨煞旁人的「神仙眷侣」就是雅各(Francois Jacob)與莫諾(Jacques Monod)。他們一起研究性交多年,不過對象就不是人類,而是細菌的性交,這個大名鼎鼎的實驗就是「睡衣實驗」。這個實驗是分子生物學中其中一個最重要的實驗,但比較複雜,下次再詳細介紹。

之後在劍橋大學有一次學術小聚會,聚集了不少分子生物學界重量級的人物,他們留意到「睡衣實驗」及賀西的發現,當時大家都看不透這些實驗的意義及當中的關係,仍墜在五里霧中。克拉克也是會議的主角之一,他嘗試總結這些新實驗成果,突然靈光一閃,想到也許把DNA上的遺傳信息從細胞核帶到核糖體中的中介物質就是賀西發現的,在細菌被噬菌體感染之後立即開始合成的RNA。這RNA不是rRNA,而是一種全新的,不穩定的RNA,帶著與DNA相對應的基質(base),它可能做好幾個蛋白質之後就會自行分解。而且每種蛋白質都有相對應的,不同的這種新RNA

克拉克是理論專家,實驗卻不是他在行的東西。(還記得當年他發現DNA結構嗎? 實驗基本上都是富林克林做的。)但劍橋聚會中的另外兩位科學家,雅各(做「睡衣實驗」的那位科學家)與布瑞納(Sydney Brenner),他們卻是最頂尖的實驗高手,他們已經想到一個實驗去證實這個猜想,但會需要用到氯化銫密度梯度的技術,所以他們也邀請了梅瑟生(設計「分子生物學史上最美麗的實驗」證實DNA複制是「半保留式」的那位科學家)加入他們的小組,一起做這個實驗。

現在他們小組有世上最頂尖的分子生物學實驗高手(雅各、布瑞納、梅瑟生),又有世上最頂尖的實驗技術(氯化銫密度梯度、噬菌體、放射性同位素標記),尋找生命中的信息使者的實驗已經蓄勢待發。

實驗的做法如下:

他們先用重同位素(N-15C-13)去培養大腸桿菌一段時間,令大腸桿菌的成分都充滿重同位素組成。然後再用T4噬菌體去感染大腸桿菌,令大腸桿菌有全新的來自T4噬菌體的DNA,並立即把它們轉到輕同位素培養液中。而培養液同時含有放射性的uraciluracil是一種只出現在RNA的成分,所以新合成的RNA都會帶有放射性,方便追縱。

如果把遺傳信息從DNA帶到核糖體中的使者是rRNA,那麼大腸桿菌必須要合成新的rRNA才能開始製造新蛋白質,而新rRNA是在輕同位素環境中合成,所以核糖體必定是輕的(rRNA都在核糖體中)。但雅各、布瑞納及梅瑟生把大腸桿菌成分放到氯化銫溶液中離心,發現所有核糖體都是由重同位素組成的,並沒有輕的核糖體,所以信息使者不會是rRNA


他們發現新合成的放射性RNA都出現在重的核糖體,也就是舊的核糖體中,也就是說細胞只需舊的核糖體就可以做到新的蛋白質。所以核糖體只是一個做蛋白質的工廠,本身不帶任何信息。這情況好像你把USB「手指」插到電腦中,打印機就可以印「手指」入面的檔案。你插隻新「手指」,就可以印新的檔案。但你印新的檔案,是不需要新的電腦或新的打印機的,用舊有的已經可以了。而核糖體就是電腦與打印機,USB「手指」是一種全新發現的,之前預測的不穩定RNA

他們又發現新的RNA與大腸桿菌的DNA完全不相關,反而與T4噬菌體的DNA互相對應,因此把T4噬菌體DNA遺傳信息帶到大腸桿菌核糖體的使者,就是這種新RNA。之後,這種新RNA被正式命名為信使RNA (messanger RNA,簡稱mRNA)



就這樣,科學家們又解開多一個生命之謎。繼發現生命的秘密都儲在DNA後,他們又發現了生命的信使mRNA。之後還有甚麼生命之謎等著被發現呢?

下回預告

今次我們不夠時間詳談研究細菌性交的「睡衣實驗」,下回將會詳盡介紹。而更令人興奮的是下回DNA的密碼終於正式被完全破解!欲知後事如何,且聽下回分解。

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